La réforme des études doctorales est rentrée en vigueur en 2008 par la parution d’un décret fixant les dispositions réglementaires organisant les études doctorales au sein des « Centres d’Etudes Doctorales » et constituant le cahier des Normes Pédagogiques Nationales du cycle du Doctorat

L’université Sultan Moulay Slimane est dotée de 2 Centres d’Etudes Doctorales, accréditées au sein de ses établissements, qui couvrent les champs disciplinaires suivants :